Misi STAI Pelabuhanratu adalah menjadi perguruan tinggi yang mendorong segenap civitas akademika dan semua kelompok masyarakat yang berakhlak mulia, kreatif, inovatif, berwawasan global, cerdas, bertanggung jawab, serta menguasai ilmu pengetahuan, teknologi dengan:
- Menyelenggarakan kegiatan pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan pemahaman serta pengamalan Islam yang dapat menjamin keterandalan dan keunggulan ilmu, tekhnologi, seni dan kepribadian
- Meningkatkan pemberdayaan infra struktur yang telah ada
- Meningkatkan sumber daya manusia (SDM) yang ada dan mengembangkan serta meningkatkan kualitasnya, baik ilmu, amal maupun jenjang pendidikan
- Efesiensi dan efektifitas penggunaan dan menggalinya baik internal maupun eksternal
- Mengembangkan system informasi PAI , baik perangkat keras maupun lunak
- Menjalin kerjasama dan kemitraaan dengan pihak internal dan eksternal dalam upaya mewujudkan harapan dan cita-cita
